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新闻资讯

外泌体讲座|如何快速发现肿瘤特异性外泌体 RNA 分子标志物

发布时间:2017-11-12 22:16 |  点击次数:

在当前精准医学的大背景下,液体活检作为一项重要的创新技术,有望在癌症早期筛查与诊断、治疗方案指导、疗效评估及预后测评领域发挥作用,具有极高的临床应用价值和市场前景。液体活检主要包括检测血液中游离的循环肿瘤细胞(circulating tumor cell,CTC)、循环肿瘤 DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)和外泌体等。

外泌体为大小 30~100 nm 的细胞外泌性囊泡,具有脂质双层膜结构。近年研究显示,外泌体是细胞与细胞间通讯的重要的分子,参与诸多生理与病理过程。外泌体中不仅包含蛋白质成分,还包括一些 RNA 成分,如微小 RNA(microRNA,miRNA)、长链非编码 RNA 和 mRNA、环状 RNA(circular RNA,circRNA)。外泌体所携带的这些 RNA 统称为外泌体来源 RNA,具有完整的序列结构和生物活性,有望作为液体活检分子标志物,在精准医学发展上有着光明的前景。

相比与传统液体活检所检测的 ctDNA 和 CTC,外泌体具有以下优势:

1. 外泌体在体液中具有更高的浓度含量,有利于肿瘤的早期诊断;

2. 外泌体的脂膜结构对所包含的核酸分子起到良好的保护作用,具有更高的稳定性;

3. 外泌体的粒径较小,通透性强,容易到达各种体液中,为液体活检提供重要的前提条件;

4. 外泌体包含丰富的核酸分子,从 mRNA、lncRNA 和 circRNA 等大 RNA 分子层面更容易发现肿瘤特异的分子标志物 [1] [2]。



表观生物通过反复比较测试多种外泌体的提取技术,最终择优采用 Qiagen exoRNeasy Serum/Plasma Maxi Kit 试剂盒,该试剂盒来源于首个通过 FDA 批准的外泌体诊断公司——美国 Exosome Diagnostics, Inc. 的核心技术,能够在 25 分钟内快速纯化得到细胞外囊泡,并获得更为全面的高纯度 RNA 分子,适合用于检测外泌体中的环状 RNA 及其他长片段的线性 RNA。表观生物技术团队结合最新的高通量测序技术和生物信息分析方案,倾力打造外泌体 RNA 分子标志物开发的转化医学整体解决方案!


项目流程

测序方案

1. 测序平台:Illumina HiSeq X10/Hiseq 4000

2. 测序模式:PE150

3. 测序数据量:>8 G/样本

4. 适用物种:人

5. 样本类型:限人血浆(推荐)或者血清,每个样本 2~4 ml 体积

分析内容

1. 去接头污染,去低质量 reads 和测序质量评估

2. 参考基因组比对

3. 全基因组 reads 分布图谱

4. 环状 RNA 预测

5. 环状 RNA 表达差异分析

6. mRNA 表达差异分析

7. 差异基因 KEGG、GO 分析

8. 差异 lncRNA 分析

参考案例:

来自复旦大学的科研人员首次发现了 exosomes 内含有大量 circRNA[3]。

研究者从 MHCC-LM3 肝癌细胞以及此细胞来源的 exosomes 中分别提取总 RNA(去除核糖体RNA),进行 RNA-seq 分析,发现 exosomes 中的 circRNA 比 exosomes 来源细胞中的 circRNA 丰富得多。

通过 exosomal RNA 测序方法,研究者发现人血清 exosomes 也含有大量完整稳定的 circRNA,并且结直肠癌病人血清 exosomes 中的 circRNA 与正常人差异明显,肿瘤来源的 exo-circRNA 有望成为癌症检测的潜在生物标志物。



(G) 血液中外泌体环状 RNA 在全基因组的位置分布
(H) 血清外泌体环状 RNA 的序列长度分布


(M) 正常人血清和直肠癌病人血清外泌体环状 RNA 的表达谱差异比较
(N) qRT-PCR 检测 circ-KLDHC10 的表达水平在正常血清和直肠癌病人血清中有明显差异

参考文献:

[1]Zheng Q, Bao C, Guo W, et al. Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs[J]. Nature communications, 2016, 7.
[2]Guarnerio J, Bezzi M, Jeong J C, et al. Oncogenic role of fusion-circRNAs derived from cancer-associated chromosomal translocations[J]. Cell, 2016, 165(2): 289-302.
[3]Li Y, et al,.Circular RNA is enriched and stable in exosomes: a promising biomarker for cancer diagnosis.Cell Res. 2015 Aug;25(8):981-4.



 

表观生物采用来源于美国Exosome Diagnostics, Inc.公司的技术,能够在20分钟内快速纯化得到细胞外囊泡,并获得更为全面的RNA分子,适合用于检测外泌体中的环状RNA及其他长片段的线性RNA。 结合最新的高通量测序技术和生物信息分析方案,将为您提供最为全面的外泌体longRNA测序服务!

 

技术优势:

1.  源于Exosome Diagonstics临床级外泌体提取技术,快速高效

2.  所需样本量低,2~4 mL血浆/血清即可

3.  全新建库技术,高效去除rRNA,有效数据量更多

4.  mRNA,lncRNA,circRNA尽囊括,一次测序收获三套数据

 

开学福利:

1.  75折优惠大促,为您经费减负!

2.  限量iPad Pro,Surface 4 豪华大礼等你拿!

 

活动细则:

 

活动时间:从即日起至2017年12月31日

参加条件:上述时间内签订外泌体longRNA测序服务合同并支付款项的客户

礼品领取1. 合同样本数量达到20个,赠送价值4,000元iPad 9.7英寸 32G 一台;

                    2. 合同样本数量达到30个,赠送价值6,000元Surface Pro 4 一台。

                    样本数量达到要求即送,无需抽奖!

参与方式:致电400-775-0875咨询。

 

外泌体研究技术讲座开始预约啦!!!

 

表观生物作为专业表观遗传学研究方案提供商,目前已针对超级增强子制定出独家研究方案,从上游鉴定到下游功能验证,覆盖整个研究流程,全面提升研究深度与课题质量。

表观生物第一期在武汉、长沙的巡讲结束后,将在近期继续进行第二期巡讲,除了超级增强子,我们还将增加外泌体研究课题讲座内容可供选择,欢迎各位老师拨打400-775-0875进行讲座预约!